El final de la 5ª temporada estuvo marcado por la muerte de Jenny Shepard, la directora de NCIS. Su marcha fue un duro golpe para el equipo, que la consideraba la mejor en su trabajo. Tras lo sucedido, el nuevo director, Leon Vance, tomó una difícil decisión para Gibbs: asignarle un nuevo equipo y destinar a Ziva, DiNozzo y McGee a diferentes misiones lejos de la oficina.

Ahora, Gibbs deberá acostumbrarse a trabajar con los nuevos miembros de su equipo, los agentes especiales Lee, Langer y Keating. Sin embargo, su destino cambia cuando descubre las verdaderas razones por las que Vance le asignó este peculiar equipo: uno de los nuevos agentes es un traidor; es por esto que el director quiere que Gibbs averigüe de quién se trata. Parece que todavía le queda una oportunidad para volver a trabajar con antiguo equipo.